基于当事人意思自治原则，人民法院可以一并审理，不存在技术上的问题。判决的情形归纳如下：
(一)政府对土地之确权行为合法的，判决维护。
(二)土地确权主要证据充分，而存在程序或适用法律错误的判决确认违法由人民法院以司法权确认土地权。
(三)土地确权主要证据不足，而法庭可查明事实的直接由法院判决确权。
(四)土地确权主要依据不足，而人民法院又无法查明权属的亦由人民法院本着尊重历史、方便生产、生活的原则，依相邻权理论法律作出土地权属判决。
由于行政行为具有确定力，一旦作出，就应被推定为合法有疚。法律要求相对人予以信任和依赖。基于信赖因素的存在，法律也应保护相对人基于依赖所生之利益，禁止政府行为以任何借口任意变更既有行政决定甚至反复无常，哪怕是“有错必纠”也应受到必要的限制。
在行政的审判也应当对相对人的依赖利益予以高度重视，对违法行政行为实行有限有撤销，土地确权案件主要涉及第三人的利益。现行行政诉讼法虽然设立了第三人制度，但对第三人是否可以提出独立的诉讼请求没有明确规定，以至导致人民法院在只要原告启动诉讼程序时即时被诉具体行政行为是否合法进行全面审查，第三人的举证对被诉具体行政行为的审查是否有参考作用法律规定态度不明，从而忽视了第三人的利益。
以土地确权案件为例，第三人对土地的占有、使用是基于被告的审批、确认，为维护法律秩序和社会生活的稳定，为禁止政府行为反复无常，信守承诺应该对相对人因信赖政府而取得的利益予以保护，这是行政法信赖利益保护原则的应有之义。因此，行政的审判应该关注第三人基于对被告的信任而取得的财产或其他方面的利益保护，不能因被告的违法行为而承担实际上的损失。
在不服颁发土地证的土地确权案件中，实践中一般不作土地争议理解，更容易忽视第三人的利益。特别是在当事人已修房盖屋的情况下，撤销证件将会带来更大的社会隐患。只要不存在证件两证权利冲突、重叠问题一般不能撤销。而最合乎实际的方法应将其归为土地使用权争议处理，政府在处理争议中首先对争议问题作出处理，如果须要撤销证件，由此造成的损失被告应给予适当的补偿，在人民法院审理土地权属争议案件中对当事人持有的土地使用证件只要不存在权利冲突的一般也不能否认其效力，这既是出于对维持社会安定性的考虑，也是对诚信政府的一种支持。
在涉及土地确权案件中，轻易地撤证行为可能使政府无所适从，也使人民法院无所适从。值得强调的是人民法院否认颁证的合法性，依职权再作土地权属的裁判，必然强调当事人的举证责任，兼顾政府在行政行为中的档案材料，在事实确定难以查清的前提下，只能以公平原则、以尊重历史、方便生产生活为原则，当然法院的司法能力将承担考验。
