建设工程招标代理服务费的计算办法是：差额定率累进法。计算基础是：招标总投资或各中标单位中标额合计投资。双方在此基础上可以协商：上下浮动不超过20%。且如果招标公告中明确招标代理费由各中标单位支付，则应该按照中标比例分摊。
招标代理服务收费按差额定率累进法计算。例如：某工程招标代理业务中标金额为6000万元，计算招标代理服务费额如下：100万元×1.0%=1万元(500-100)万元×0.7%=2.8万元(1000-500)万元×0.55%=2.75万元(5000-1000)万元×0.35%=14万元(6000-5000)万元×0.2%=2万元合计收费22.55(万元)
当委托人委托招标代理机构进行招投标时，代理机构在规定的代理费浮动区间具有自由选择权，因此不同工程的招标代理费也是有一定差别的，应具体工程具体计算。
法律依据：
《中华人民共和国建筑法》第二十条
建筑工程实行公开招标的，发包单位应当依照法定程序和方式，发布招标公告，提供载有招标工程的主要技术要求、主要的合同条款、评标的标准和方法以及开标、评标、定标的程序等内容的招标文件。
开标应当在招标文件规定的时间、地点公开进行。开标后应当按照招标文件规定的评标标准和程序对标书进行评价、比较，在具备相应资质条件的投标者中，择优选定中标者。
