工程质量有问题的鉴定方式：
1、对地质勘察报告的检查、建筑工程结构检测；
2、对设计图的复核；
3、对影响安全性指标的施工质量检查、检测，如混凝土强度、砌体强度、钢筋钢筋检测，构件截面尺寸复核，主体结构布置调查等。
法律依据：
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第三十二条
当事人对工程造价、质量、修复费用等专门性问题有争议，人民法院认为需要鉴定的，应当向负有举证责任的当事人释明。当事人经释明未申请鉴定，虽申请鉴定但未支付鉴定费用或者拒不提供相关材料的，应当承担举证不能的法律后果。一审诉讼中负有举证责任的当事人未申请鉴定，虽申请鉴定但未支付鉴定费用或者拒不提供相关材料，二审诉讼中申请鉴定，人民法院认为确有必要的，应当依照民事诉讼法第一百七十条第一款第三项的规定处理。
