1、登录当地地方税务局门户网站，下载个税扣缴申报客户端；2、打开客户端，进行系统初始化注册，按照向导进行操作；3、登录软件；4、进入代缴代扣系统，录入人员信息，填写报表，网络报送；5、网上缴款。
小规模纳税人仅可能是公司、企业等，因此小规模纳税人仅需缴纳增值税和企业所得税，而无须申报个人所得税。对于在小规模纳税企业工作的个人而言，其需根据自己的月收入缴纳个人所得税，一般为所供职企业代扣代缴。个人所得税起征点为5000元，采取累进税率计算办法，即员工个人月度收入减去三险一金等专项扣除，再减去专项附加费扣除部分和依法确定的其他扣除后，超出5000元的部分才需要缴纳个人所得税。
《个人所得税法》第二条规定十一种所得需要缴纳个人所得税。其中对企业而言需要代扣代缴的是“工资薪金所得”、“利息股息红利所得”、“劳务报酬所得”个人所得税。
“个人独资合伙企业”所得税如何征收，因为小规模纳税人是相对于一般纳税人而言的概念，是相对于增值税而言的，个人所得税的征收与该企业为一般纳税人或小规模纳税人没有关系，对于企业或个人而言，取得收入符合征税条件，就应该缴纳个人所得税。
