有以下几点区别：
1、合并方式不同：企业合并，是指两家或两家以上的企业合并成一家企业。控股合并，是指一家企业购入或取得了另一家企业有投票表决权的股份，并已达到可以控制被合并企业财务和经营政策的持股比例。
2、是否保有法人资格不同：通过控股合并，原有各家公司依然保留法人资格。但通过吸收合并，只保留一个法人资格。
3、合并的主要形式不同：吸收合并的主要形式有：母公司作为吸收合并的主体并成为存续公司，上市公司注销；上市公司作为吸收合并的主体并成为存续公司，集团公司注销；非上市公司之间的吸收合并。
控股合并只有一种形式，即为企业通过收购其他企业的股份或相互交换股票取得对方股份，达到对其他企业进行控制的一种合并形式。
法律依据：《股份有限公司国有股权管理暂行办法》 第十一条
国有企业进行股份制改组，要按《在股份制试点工作中贯彻国家产业政策若干问题的暂行规定》，保证国家股或国有法人股(该国有法人单位应为国有独资企业或国有独资公司)的控股地位。国有股权控股分为绝对控股和相对控股。绝对控股是指国有股权持股比例占50%以上(不含50%);相对控股是指国有股权持股比例高于30%低于50%，但因股权分散，国家对股份公司具有控制性影响。计算持股比例一般应以同一持股单位的股份为准，不得将两个或两个以上国有股权持股单位的股份加和计总。
