非独立核算要申报吗

不用，并入总公司就好了。非独立核算分公司不属于独立核算的纳税人，财务并入总公司统一核算管理，要建立有关辅助帐、明细帐，具体根据总公司要求确定。
《中华人民共和国税收征收管理法》第十九条
纳税人、扣缴义务人按照有关法律、行政法规和国务院财政、税务主管部门的规定设置帐簿，根据合法、有效凭证记帐，进行核算。