环境行政处罚当事人多次不配合的一般会从重处罚，环境违法案件中，有下列情形之一的，可以从重处罚：
(1)两年内因同类环境违法行为被处罚3次(含3次)以上的;
(2)重污染天气预警期间超标排放大气污染物的;
(3)在案件查处中对执法人员进行威胁、辱骂、殴打、恐吓或者打击报复的;
(4)环境违法行为造成跨行政区域环境污染的;
(5)环境违法行为引起不良社会反响的;
(6)其他具有从重情节的。
二、环境行政处罚的执行是怎么规定的?
《环境行政处罚办法》
第六十条 【处罚决定的履行】当事人应当在行政处罚决定书确定的期限内，履行处罚决定。
申请行政复议或者提起行政诉讼的，不停止行政处罚决定的执行。
第六十一条 【强制执行的适用】当事人逾期不申请行政复议、不提起行政诉讼、又不履行处罚决定的，由作出处罚决定的环境保护主管部门申请人民法院强制执行。
第六十二条 【强制执行的期限】申请人民法院强制执行应当符合《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》的规定，并在下列期限内提起：
(一)行政处罚决定书送达后当事人未申请行政复议且未提起行政诉讼的，在处罚决定书送达之日起60日后起算的180日内;
(二)复议决定书送达后当事人未提起行政诉讼的，在复议决定书送达之日起15日后起算的180日内;
(三)第一审行政判决后当事人未提出上诉的，在判决书送达之日起15日后起算的180日内;
(四)第一审行政裁定后当事人未提出上诉的，在裁定书送达之日起10日后起算的180日内;
(五)第二审行政判决书送达之日起180日内。
第六十三条 【被处罚企业资产重组后的执行】当事人实施违法行为，受到处以罚款、没收违法所得或者没收非法财物等处罚后，发生企业分立、合并或者其他资产重组等情形，由承受当事人权利义务的法人、其他组织作为被执行人。
第六十四条 【延期或者分期缴纳罚款】确有经济困难，需要延期或者分期缴纳罚款的，当事人应当在行政处罚决定书确定的缴纳期限届满前，向作出行政处罚决定的环境保护主管部门提出延期或者分期缴纳的书面申请。
批准当事人延期或者分期缴纳罚款的，应当制作同意延期(分期)缴纳罚款通知书，并送达当事人和收缴罚款的机构。延期或者分期缴纳的最后一期缴纳时间不得晚于申请人民法院强制执行的最后期限。
第六十五条 【没收物品的处理】依法没收的非法财物，应当按照国家规定处理。
销毁物品，应当按照国家有关规定处理;没有规定的，经环境保护主管部门负责人批准，由两名以上环境执法人员监督销毁，并制作销毁记录。
处理物品应当制作清单。
第六十六条 【罚没款上缴国库】罚没款及没收物品的变价款，应当全部上缴国库，任何单位和个人不得截留、私分或者变相私分。
配合执法人员的办案本身就是公民应尽义务，在环境污染案件中，其实违法行为人积极配合调查，主动消除影响的，执法机构肯定会适当从轻处罚的，这种拒不配合的态度，在一定程度上会影响处罚标准。
