代理合同纠纷有法律效力的。依据我国相关法律的规定，分公司虽然不具有独立的法人资格，但是具有对签订合同资格的，分公司签订的合同依法成立的，受法律的保护。
根据《民法典》的规定，委托代理的形式主要有两种，即书面和口头形式，当事人在实际运用中，可以用口头形式，也可以用书面形式，但法律规定用书面形式的，应按法律规定，采用书面形式，如诉讼代理，代签经济合同等，均应采用书面形式。
二、代理合同的法律责任
1、代理人和被代理人之间负连带责任。委托书授权不明的，被代理人应当向第三人承担民事责任，代理人负连带责任。如果代理人知道被委托代理的事项违法仍然进行代理活动的，由被代理人和代理人负连带责任。
2、代理人不履行代理职责，损害被代理人利益的责任。如果代理人以被代理人的名义同自己或者同自己所代理的其他人进行民事活动造成损失的，应当承担民事责任。这种情况实际上是代理人独断代理行为。如果代理人和第三人串通，损害被代理人的利益的，由代理人第三人负连带责任。
3、无权代理造成损害的责任。如果没有代理权、超越代理权或者代理权终止后的代理行为，只有经过被代理人的追认，被代理人才承担法律责任。未经追认的行为，由行为人承担法律责任。如果本人知道他人以本人的名义实施民事行为而不作否认表示的，视为同意。如果第三人知道行为人没有代理权;超越代理权或者代理权已经终止还与行为人实施民事行为给他人造成损失的，由第三人和行为人负连带责任。
代理人为了维护被代理人的利益，可以将自己取得的代理权转托他人。转托他人代理的，应当事先取得被代理人的同意。事先没有取得被代理人的同意，应当在事后及时告诉被代理人，如果被代理人不同意，由代理人对自己所转托的人的行为负法律责任。但在紧急情况下，为了保护被代理人的利益而转托他人代理的，不受这个限制。
不管是签署正式的合同，还是签署的代理合同，只要是在双方自愿一致协商的情况下，都是在签订之后具有法律效力，受到法律的保护的。双方当事人需要按照合同签署的内容严格执行。如果对于代理合同的法律效力有疑义的，也是可以向法院提起诉讼确认是否具有相应效力的。
