补充合同的效力优于主合同的效力。补充合同与主合同的约定产生冲突时，以时间在后的约定条款执行。因为补充协议可以视为合同双方主体对合同的变更协商一致了，不过这个新的约定一定要明确约定，不能模棱两可。补充协议中一般都会在尾部写明“原合同与本补充协议不一致的，以补充协议为准。”值得注意的是，原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。
法律依据：
《民法典》第五百一十条：合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充;不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
《民法典》第五百四十三条：当事人协商一致，可以变更合同。
《民法典》第五百四十四条：当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。
