补充协议的法律效力是什么

根据民法典的相关规定，当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。
时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。
【法律依据】《民法典》第五百一十条【合同没有约定或者约定不明的补救措施】合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充;不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。