合同房屋差价损失计算方式有：双方当事人对房屋升值的差价损失能够通过协商确定的，则按照其约定；不能协商确定的，可比照最类似房屋的市场成交价与买卖合同成交价之差确定房屋升值的损失；无最相类似房屋比照的，可通过专业机构评估确定房屋升值的差价损失。
法律依据：
《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第八条
具有下列情形之一，导致商品房买卖合同目的不能实现的，无法取得房屋的买受人可以请求解除合同、返还已付购房款及利息、赔偿损失，并可以请求出卖人承担不超过已付购房款一倍的赔偿责任：
(一)商品房买卖合同订立后，出卖人未告知买受人又将该房屋抵押给第三人;
(二)商品房买卖合同订立后，出卖人又将该房屋出卖给第三人。
