两者的主要区别：上诉必然引起二审程序;但申诉仅是提起审判监督程序的重要材料来源，是否能够引起审判监督程序必须由司法机关对申诉材料进行审查、确认生效裁判确有错误、并符合法律规定的重新审判的条件，才能开始审判监督程序。其次，上诉的提起必然阻止一审判决、裁定发生法律效力;申诉则不相同，申诉的提出不能停止判决、裁定的执行。申诉和上诉还有以下的区别：
(一)对象不同：申诉的对象是已经发生法律效力的判决、裁定;而上诉的对象是尚未发生法律效力的一审判决、裁定。
(二)期限不同：对于申诉刑事诉讼法没有规定期限，但最新的司法解释了申诉的期限一般为刑罚执行完毕2年内;而对于上诉法律规定了期限。
(三)主体范围不同：申诉的主体是当事人及其法定代理人、近亲属;上诉的主体是被告人、自诉人、附带民事诉讼当事人及其法定代理人、经被告人同意的被告人的辩护及及近亲属。
(四)受理的机关不同：受理申诉的机关既包括原审人民法院及其上级人民法院，也包括与上述各级人民法院对应的人民检察院;而受理上诉的机关只能是原审人民法院及其上一级人民法院。
(五)后果不同申诉只是提起审判监督程序的一种材料来源不能停止生效判决、裁定的执行;而上诉必然引起二审程序导致一审判决、裁定不能生效，经过两级人民法院审理后的案件当事人不服仍然不服的按申诉处理，对当事人申诉的案件经过两级人民法院处理后当事人仍坚持申诉，没有新的证据人民法院不再受理。
由此可见，刑事申诉和上诉是两个不同的概念，两者之间在对象、提起主体、受理机关以及提起的期限和需要承担的法律后果上都是具有明显区别的，上诉必然引起二审程序阻止一审裁决、裁定发生法律效力，而申诉主要针对已经生效的刑事判决来申请重新审批。
