对于男女双方非法同居期间所生子女由哪一方抚养的问题，最好由双方协商解决。在无法协商或者协商不成的情况下，可以到法院起诉，法院会根据子女的利益及双方的具体情况予以判决。哺乳期内的子女，原则上由女方抚养；如果父方条件较好，母方也同意的，也可以交由父方抚养。当子女为10周岁以上不满18周岁的的限制民事行为能力人时，由哪一方抚养，应征求子女本人的意见。
《民法典》第一千零八十四条 父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
