建筑企业农民工工资保证金退还手续如下：
1、建筑工程主体完工后，经审核确认建筑施工企业无拖欠农民工工资的行为，退还建筑施工企业60%的工资保证金；
2、设工程全部完工后，经审核确认建筑施工企业无拖欠农民工工资的行为，退还建筑施工企业剩余40%的工资保证金；
3、设单位在建设工程全部完工办理决算后，经确认无拖欠行为，全部退还建设单位所缴纳的工资保证金；
4、需要的资料：书面申请法定代表人委托书（委托经办人的）经办人身份证原已交保证金的票据或存折竣工验收报告原件及复印件工程决算单；
5、电脑打印的往来账目清单：自开工到竣工的往来账目清单。
法律依据
《工资支付暂行规定》
第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的２０％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
