政府工程垫资是合法的吗

不合法。所谓“垫资施工承包”，是指建设方（地方政府）不用预付和按工程进度给付施工承包商工程款，而是作为施工承包商的建筑企业预先垫付工程款，建设完成后再进行偿付。《政府投资条例》正式开始施行，其中规定政府投资项目不得由施工单位垫资建设，违者追究刑事责任。
法律依据：《政府投资条例》第二十二条政府投资项目所需资金应当按照国家有关规定确保落实到位。政府投资项目不得由施工单位垫资建设。