疫情隔离期间不给员工以工资是不合法的，被隔离人员有工作单位的，所在单位不得停止支付其隔离期间的工作报酬。
法律依据：《中华人民共和国传染病防治法》第四十一条对已经发生甲类传染病病例的场所或者该场所内的特定区域的人员，所在地的县级以上地方人民政府可以实施隔离措施，并同时向上一级人民政府报告;接到报告的上级人民政府应当即时作出是否批准的决定。上级人民政府作出不予批准决定的，实施隔离措施的人民政府应当立即解除隔离措施。
在隔离期间，实施隔离措施的人民政府应当对被隔离人员提供生活保障;被隔离人员有工作单位的，所在单位不得停止支付其隔离期间的工作报酬。
隔离措施的解除，由原决定机关决定并宣布。
