克扣工资可以劳动仲裁。但是如果已经拿取该部分的工资后不能再仲裁。向劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动仲裁委员会申请仲裁，申请劳动仲裁应当提交仲裁申请书。可以主张支付赔偿金，但基本都不会支持。用人单位不会被处罚。申请劳动仲裁应当提交仲裁申请书;身份证明以及能够证明与被诉人之间存在劳动关系的有关材料等。
《劳动合同法》
第八十五条
用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿;劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的;(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;(三)安排加班不支付加班费的;(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
