1、加班工资只算基本工资是不合法，劳动者申请劳动仲裁，可以要求用人单位补足工资差额,并且可以单方解除劳动合同并要求支付经济补偿金。用人单位应当按劳动相关法律要求计算加班工资，否则克扣工资将会面临行政处罚。
2.如果劳动合同有明确约定工资数额的，应当以劳动合同约定的工资作为加班费计算基准。应当注意的是，如果劳动合同的工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，应当以各项工资的总和作为基数计发加班费，不能以“基本工资”、“岗位工资”或“职务工资”单独一项作为计算基数。
《劳动法》第四十四条
