目前，我国的企业合并活动呈迅速发展之势，在企业合并中进行税收筹划，实现企业整体利益的最大化，则是不容忽视的。在企业合并中，合并企业支付给被合并企业股东的价款有两种方式：一种为股权支付，即以合并企业的股权换取被合并企业的股权(旧股换新股);另一种为非股权支付，即以合并企业股权以外的现金、有价证券及其他资产换取被合并企业的股权。
由于合并企业支付给被合并企业的价款方式不同，其转让所得、资产计价、亏损弥补等涉及所得税的事项可选择不同的税务处理方法。这些不同的税务处理方法对合并企业和被合并企业的所得税产生不同的影响，也为企业合并的税收筹划提供了条件。
一、价款支付方式对资产转让损益确认的影响
在企业合并中，被合并企业是否确认财产转让收益取决于产权交换的支付方式。如果合并企业支付给被合并企业或其股东的非股权支付额高于所支付的股权票面价值(或股本账面价值)20%的，被合并企业应视为按公允价值转让处置全部资产，计算资产的转让所得，依法缴纳所得税。
被合并企业的股东取得合并企业的股权视为清算分配。如果合并企业支付给被合并企业或其股东的收购价款中，除合并企业股权以外的现金、有价证券和其他资产(简称非股权支付额)不高于所支付的股权票面价值(或支付的股本账面价值)20%的，经税务机关审核确认，被合并企业可以不确认全部资产的所得或损失，不计算缴纳所得税。被合并企业的股东以其持有的原被合并企业的股权(简称旧股)交换合并企业的股权(简称新股)，不视为出售旧股购买新股处理。
被合并企业的股东换得新股的成本，须以其所持旧股的成本为基础确定。只有待股权转让后才计算损益，作为资本利得课税。但未交换新股的被合并企业的股东取得的全部非股权支付额，应视为其持有旧股的转让收入，按规定计算确认财产转让所得或损失，依法缴纳所得税。由于支付方式的不同，转让收益的确认时间不同，对被合并企业的所得税负的影响也就不同。由于在通常情况下，资本利得税的税率比企业所得税的税率要低，所以被合并企业的股东由此可以得到推迟并减少纳税的好处。
二、价款支付方式对资产计价的影响
在非股权支付额不高于所支付股权票面价值(或股本账面价值)20%的情况下，合并企业接受被合并企业全部资产的计税成本，须以被合并企业原账面净值为基础确定。如果非股权支付额高于所支付股权票面价值20%的，合并企业接受被合并企业的资产在计税时可以按经评估确认的价值确认成本。由于两种情况下合并企业接受被合并企业的资产计入成本费用的价值基础不同，必然导致税前扣除的金额不同，从而使合并后合并企业的所得税负不同。
就合并企业而言，从折旧影响企业所得税的角度来看，如果合并企业采用股票支付方式，合并中取得的资产其折旧基础是资产原账面价值，如果合并企业采用债券或现金支付方式，合并取得的资产其折旧基础是支付价格，一般情况下支付价格高于原资产账面价值。合并企业的资产价值总额将增加，计提折旧也随之增加，从而使合并企业享受到增加折旧额而节税的好处。
三、价款支付方式对亏损弥补的影响
如果非股权支付额高于所支付的股权票面价值(或股本账面价值)20%的，被合并企业以前年度的亏损不得结转到合并企业弥补。在非股权支付额不高于所支付的股权票面价值(或股本账面价值)20%的情况下，被合并企业合并以前的全部企业所得税纳税事项由合并企业承担，以前年度的亏损，如果未超过法定弥补期限，可由合并企业继续按规定用以后年度实现的与被合并企业资产相关的所得弥补。具体按下列公式计算：某一纳税年度可弥补被合并企业亏损的所得额=合并企业某一纳税年度未弥补亏损前的所得额×(被合并企业净资产公允价值÷合并后合并企业全部净资产公允价值)。盈利企业通过兼并有累计经营亏损的企业，以亏损企业亏损冲抵盈利企业的应纳税所得额，从而降低企业整体税负。
由于合并企业支付给被合并企业的价款方式不同，将导致不同的所得税处理方式，其涉及被合并企业是否就转让所得缴税、亏损是否能够弥补，合并企业支付给被合并企业的股利折现、接受资产增值部分的折旧等问题。
同时，企业在进行税收筹划时，必须遵循成本效益原则，进行纳税筹划时，不能只考虑税收成本的降低，而忽略因筹划方案的实施所引发的其他费用的增加或收入的减少，即税收成本最低的方案不一定是最好的筹划方案，必须综合考虑，只有能够给企业带来绝对收益的方案才是最佳的。
