依据我国相关法律的规定，农村自建房屋如果不是被执行人生活所必需的居住房屋，人民法院是可以强制执行房屋的，法院一般会对房屋进行拍卖。
根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第五条，人民法院对被执行人下列的财产不得查封、扣押、冻结：
(一)被执行人及其所扶养家属生活所必需的衣服、家具、炊具、餐具及其他家庭生活必需的物品;
(二)被执行人及其所扶养家属所必需的生活费用。当地有最低生活保障标准的，必需的生活费用依照该标准确定;
(三)被执行人及其所扶养家属完成义务教育所必需的物品;
(四)未公开的发明或者未发表的著作;
(五)被执行人及其所扶养家属用于身体缺陷所必需的辅助工具、医疗物品;
(六)被执行人所得的勋章及其他荣誉表彰的物品;
(七)根据《中华人民共和国缔结条约程序法》，以中华人民共和国、中华人民共和国政府或者中华人民共和国政府部门名义同外国、国际组织缔结的条约、协定和其他具有条约、协定性质的文件中规定免于查封、扣押、冻结的财产;
(八)法律或者司法解释规定的其他不得查封、扣押、冻结的财产。
第六条，对被执行人及其所扶养家属生活所必需的居住房屋，人民法院可以查封，但不得拍卖、变卖或者抵债。
