纳税人少缴了税款处理如下：情节轻微未构成犯罪的，由税务机关追缴其少缴的税款、滞纳金，并处少缴税款一倍以上五倍以下的罚款;情节严重构成犯罪的，依法追究刑事责任。
在税收实务中，常常发生少缴税款的情况。少缴税款的不同情况，承担的法律后果也不一样。
1、因税务机关的责任导致纳税人不缴或少缴税款
因税务机关的责任导致纳税人不缴或少缴税款的，在三年内追征，但是不得加收滞纳金。
税务机关的责任，是指税务机关适用税收法律、行政法规不当或者执法行为违法。税务机关可以要求纳税人补缴税款，但不得加收滞纳金和罚款。
2、因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，未缴或者少缴税款
因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以追征税款、滞纳金，追征期最长可以延长到五年。
纳税人不进行纳税申报造成不缴或少缴应纳税款的情形不属于偷税、抗税、骗税，其追征期一般为三年，特殊情况可以延长至五年。
《税收征管法》第五十二条所称纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，是指非主观故意的计算公式运用错误以及明显的笔误。
《税收征管法》第八十二条，所称特殊情况，是指纳税人或者扣缴义务人因计算错误等失误，未缴或者少缴、未扣或者少扣、未收或者少收税款，累计数额在10万元以上的。
3、因纳税人偷税、抗税、骗税未缴或者少缴税款
对偷税、抗税、骗税的，税务机关追征其未缴或者少缴的税款、滞纳金或者所骗取的税款，进行无期限追征。
《税收征收管理法》第六十五条
纳税人欠缴应纳税款，采取转移或者隐匿财产的手段，妨碍税务机关追缴欠缴的税款的，由税务机关追缴欠缴的税款、滞纳金，并处欠缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第六十八条
纳税人、扣缴义务人在规定期限内不缴或者少缴应纳或者应解缴的税款，经税务机关责令限期缴纳，逾期仍未缴纳的，税务机关除依照本法第四十条的规定采取强制执行措施追缴其不缴或者少缴的税款外，可以处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
纳税人上述未缴或少缴税款的情形，一般都不处罚，但如果税务机关按照规定通知纳税人限期申报缴纳，而纳税人在限期内仍不缴纳税款的,税务机关便可以依法处罚。扣缴义务人违反税法规定欠税、漏税、偷税、抗税的，税务机关除追缴其少缴或未缴的税款外，并按规定给予罚款的处罚，构成犯罪的移送司法机关,追究其刑事责任。
