对于套取国家资金的认定是要根据实际情况来决定，例如，符合诈骗罪构成要件的，应当对使用人以诈骗罪定罪处罚，如果符合受贿的就以受贿罪定罪等等。很多管理财务的人员，通过虚列支出、资金返还等方式套取资金将资金转到本单位财务会计部门账外，截留、转移应当上缴财政的行政事业性收费。
《中华人民共和国刑法》第三百九十五条第一款规定：“国家工作人员的财产或支出明显超过合法收入，差额巨大的，可以责令说明来源。本人不能说明来源是合法的，差额部分以非法所得论，处五年以下有期徒刑或者拘役，财产的差额部分予以追缴。”此即“巨额财产来源不明罪”。
明确了对套取专项资金使用人罪名适用的三种情形：
一是套取国家专项资金的使用人不符合国家专项资金政策的基本条件，在申报过程中严重弄虚作假，虚构并不存在的企业或项目，伪造关键性申报材料，符合构成要件的，应当对使用人以诈骗罪定罪处罚。
二是套取国家专项资金使用人的申报项目符合国家专项资金政策的基本条件，但在申报过程中夸大实际情况，伪造或提供了个别非关键性虚假申报材料，套取的国家专项资金部分被用于企业弥补损失，或者用于转产、更新设备、生产经营的，对使用人一般不宜按诈骗罪定罪处罚。
三是套取国家专项资金的使用人在申报过程中向国家机关工作人员行贿、伪造国家机关公文证件印章，情节严重的，应当对使用人分别以、伪造国家机关公文证件印章罪定罪处罚。
明确了对套取专项资金案件中相关国家机关工作人员罪名适用情形分别为：在套取国家专项资金过程中，负有直接审核职责的国家机关工作人员起主要作用，积极指使、参与、帮助资金使用人弄虚作假，并对套取的国家专项资金进行私分，非法占为己有的，无论资金使用人是否构成犯罪，均以追究相关国家机关工作人员刑事责任;国家机关工作人员本人系资金直接使用人，符合贪污罪构成要件的，按贪污罪定罪处罚;套取国家专项资金的使用人涉嫌诈骗等犯罪，国家机关工作人员在审核资金使用人提供的材料时，明知或应当明知条件虚构，仍予以纵容、帮助，或者不认真履行职责，严重不负责任，没有审查出相关材料虚假而使国家专项资金被骗取的，应当分别以、追究相关国家机关工作人员刑事责任;实施上述行为，又收贿，构成的，数罪并罚。
单位和个人违反财务管理的规定，私存私放财政资金或者其他公款的，责令改正，调整有关会计账目，追回私存私放的资金，没收违法所得。对单位处3000元以上5万元以下的罚款;对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处2000元以上2万元以下的罚款。属于国家公务员的，还应当给予记大过处分;情节严重的，给予降级或者撤职处分。
凡违反国家财经法规及其他有关规定，侵占、截留国家和单位收入，未列入本单位财务会计部门帐内或未纳入预算管理，私存私放的各项资金，均属小金库。对清查出的“小金库”资金，按照“自查从宽，被查从严”的原则进行处理。凡自清自查出的资金，要如数转入单位财务帐内，按照税法的有关规定单独计算交纳流转税、所得税或全额上交财政。
