公安机关将刑事案件向检察院移送起诉后，被检察院退回的，公安机关主要是有二种做法：
1、如果公安机关认为应该追究犯罪嫌疑人的刑事责任的，应进行补充侦查，并在一个月后向检察院再次移送起诉。根据《刑事诉讼法》的规定，公安机关补充侦查以二次为限。
2、如果在案件被检察院退回后，公安机关发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件;犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。
《刑事诉讼法》
第一百六十条公安机关侦查终结的案件，应当做到犯罪事实清楚，证据确实、充分，并且写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定;同时将案件移送情况告知犯罪嫌疑人及其辩护律师。
第一百六十一条在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件;犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。
第一百七十一条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
检察院如果退回公安机关所进行提交批捕申请的话，一般来说就是公安机关所进行调查的案件内容还有不清楚的地方，需要再次进行补充调查，如果公安机关认为犯罪嫌疑人的确是属于无罪情况的话，就会直接对犯罪嫌疑人进行如果认为犯罪嫌疑人有罪的话，还会进行继续调查。
