一、检察院申请延长审查起诉的原因是什么?
人民检察院对于侦查机关移送起诉的案件，应当在1个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月。人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限。该条对审查起诉的期限以及改变管辖后审查起诉期限的计算，都作出了明确的规定。这一规定是长期审查起诉经验的总结，是符合准确、及时办案要求的。
对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕，补充侦查以2次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
此外，如果在审查起诉过程中犯罪嫌疑人在逃的，人民检察院应当中止审查，并按照《刑事诉讼法》的有关规定作出通缉的决定并通知侦查机关执行。共同犯罪中的部分犯罪嫌疑人在逃的，对在逃犯罪嫌疑人应当中止审查，对其他犯罪嫌疑人的审查起诉应当照常进行。中止审查应当由审查起诉部门负责人提出意见报请检察长决定。中止审查的时间不计入审查起诉的期限。
二、检察院在审查起诉阶段要查清哪些事项?
1、案件是否属于本院管辖。按照《刑事诉讼法》关于管辖的规定，对于不属于自己管辖的案件，就不能提起公诉，而应该将案件移送有管辖权的检察机关审查起诉。
2、证据是否随案移送;不宜移送证据的清单、照片或者其他证明文件是否随案移送。人民检察院审查案件，决定是否起诉，需要确实充分的证据，因此，侦查机关或侦查部门移送案件时，应当将案件的所有证据一并移送，对不宜移送的证据，要附有不宜移送的证据的清单、照片或者其他证明文件。
3、与犯罪有关的财物及其孳息是否扣押、冻结并妥善保管，以供核查。对被害人合法财产的返还和对违禁品或者不宜长期保存的物品的处理是否妥当，移送的证明文件是否完备，等等。
综上所述，检察院审查案件，从接到案卷材料到做出决定，期限是一个月。如果案件涉及重大、复杂的事项，检察院可以延长半个月。有时候，经过审查认定证据不全，检察院会退还要求继续侦查，这也是延长时效的原因之一。
