一、退回补充侦查第二次超期限怎么处理?
退回补充侦查第二次超期限的情况下，应当释放当事人。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。
补充侦查，是指公安机关或者人民检察院依照法定程序，在原有侦查工作的基础上，对案件中的部分事实情况作进一步调查、补充证据的一种诉讼活动。案子到检察院审查起诉，重新打回公安进行的才算补充侦查。
二、补充侦查的期限：
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。”
补充侦查的期限应当是一个月。有人认为补充侦查可以是两次，每次期限一个月，两次期限则为两个月，这种理解是错误的。对于被羁押的犯罪嫌疑人，如果在审判前羁押时间过长，对于犯罪情节轻微的犯罪嫌疑人，往往容易超过其应判处的刑期。故在刑事诉讼法中，为避免此类情况的出现，才规定了对事实不清、证据不足补充侦查的期限。因此，不管是一次补充侦查还是两次补充侦查，都必须依法在一个月内完成。如经过两次补充侦查仍不能查清犯罪事实的，应当作出不起诉决定。
法律上对退回补充侦查的期限是有明确的规定的，如果在规定的期限内没有对犯罪事实进行认定，而进行下一步的司法程序，则必须释放当事人，超出期限仍然不作出处理决定显然是不合法的。特殊情况下，如果涉及到当事人的违法犯罪事实严重或者造成恶劣的社会影响的，可以向上级机关申请延长处理时限。
