人民检察院公诉科审查案件后，对于事实不清、证据不足的案件，可以退回公安机关补充侦查，补充侦查期限为一个月，一个月后公安机关再次将案件送到检察院审查，对于依然事实不清、证据不足的，检察院可以作存疑不起诉处理，也可以第二次退回补充侦查。经过两次退回补充侦查依然事实不清、证据不足不能达到起诉条件的，应当作存疑不起诉处理。
【法律依据】
《刑事诉讼法》第一百七十五条规定，补充侦查人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
《刑事诉讼法》第一百七十八条规定，不起诉决定的宣布不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。
