(1)犯罪客观方面不同。劫持船只、汽车罪的行为人通常采取暴力、胁迫或者其他方法劫持船只、汽车，且一般是在船只、汽车内公然实施的;破坏交通工具罪的行为人通常是采取盗窃、爆炸等手段破坏船只、汽车等交通工具，一般容易导致船只、汽车等交通工具的倾覆或者毁坏，且多是秘密实施的。
(2)犯罪对象不同。劫持船只、汽车罪的犯罪对象仅限于船只、汽车;破坏交通工具罪的犯罪对象则不限于船只、汽车，还包括火车、航空器等。
(3)犯罪主观方面不同。劫持船只、汽车罪的行为人也可能对船只、汽车进行破坏，但其犯罪目的不是为了使船只、汽车发生倾覆或毁坏危险，而是为了劫夺和控制船只、汽车;破坏交通工具罪的行为人是通过破坏船只、汽车等交通工具而使船只、汽车等交通工具倾覆或毁坏。
《中华人民共和国刑法》第一百一十六条 【破坏交通工具罪】破坏火车、汽车、电车、船只、航空器，足以使火车、汽车、电车、船只、航空器发生倾覆、毁坏危险，尚未造成严重后果的，处三年以上十年以下有期徒刑。
《中华人民共和国刑法》第一百二十二条 【劫持船只、汽车罪】以暴力、胁迫或者其他方法劫持船只、汽车的，处五年以上十年以下有期徒刑;造成严重后果的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。
