（一）案件来源不同。公诉案件是由国家公诉机关即人民检察院提起的；而自诉案件是由被犯罪行为侵害的公民、个人或者他的法定代理人、监护人、近亲属直接向人民法院提起的。
（二）犯罪性质和危害程度不同。公诉案件中犯罪行为的性质一般来说比较严重。
（三）审查程序不同。
（四）当事人的诉讼权利不完全相同。
（五）当事人的诉讼地位不同。自诉案件中的被害人是自诉人，居原告地位，而公诉案件中公诉机关（人民检察院）居原告地位，被害人则处于证人地位。
（六）当事人行使诉讼权利的时间不同。
（七）举证责任不同。
（八）刑罚处罚的轻重不同。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百一十二条 人民法院对自诉案件，可以进行调解;自诉人在宣告判决前，可以同被告人自行和解或者撤回自诉。本法第二百一十条第三项规定的案件不适用调解。
人民法院审理自诉案件的期限，被告人被羁押的，适用本法第二百零八条第一款、第二款的规定;未被羁押的，应当在受理后六个月以内宣判。
