1、军人叛逃罪侵害的是国防安全秩序，而逃离部队罪侵害的是兵役秩序。
2、军人叛逃罪的行为人必须逃亡到境外，而逃离部队罪的行为人并不要求逃往境外。
3、主观方面，军人叛逃罪的行为人在主观上具有背叛国家的目的，而逃离部队罪的行为人在主观上仅有逃避服兵役的目的。
法律依据：《中华人民共和国刑法》
第四百三十条
【军人叛逃罪】在履行公务期间，擅离岗位，叛逃境外或者在境外叛逃，危害国家军事利益的，处五年以下有期徒刑或者拘役;情节严重的，处五年以上有期徒刑。
驾驶航空器、舰船叛逃的，或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。
