由于各地区基本情况不同，在“住改非”房屋补偿上也出现了不同的做法：
1、按照房屋的实际用途补偿。也就是说能够具体认定房屋确实是用于经营使用的，按照商业用房的具体补偿标准补偿，房屋是住宅的就按照住宅的具体补偿标准补偿。
2、根据商业用房的具体补偿标准估价补偿。参考“住改非”房屋的实际状况，是否持续经营、是否有营业执照、是否沿街等。
3、按照“住改非”房屋的补偿估价金额和非住宅房屋拆迁补偿估价金额的平均值确定。
4、按照住宅的补偿标准补偿。用于住宅房屋用于经营使用的时间较短，尚不支持作为非住宅补偿的。
5、按使用功能将“住和非住”部分拆分补偿。用于经营使用的部分按照商业用房的补偿标准补偿，其余部分按照住宅的补偿标准补偿。
二、停产停业损失补偿的对象
房屋按照用途可以划分为“住宅”和“非住宅”两类，停产停业补偿主要是针对非住宅中的经营性房屋。一般而言，经营性用房的认定需同时具备三个条件，即：能成为停产停业损失补偿对象的房屋一须同时符合以下三项条件：
第一，房屋具有房屋权属证明或经有关部门认定为合法建筑;
第二，具有合法、有效的营业执照且载明的住所为被征收房屋;
第三，已办理税务登记并具有纳税凭证。
三、停产停业损失补偿计算标准
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第23条的规定：
1、对因征收房屋造成停产停业损失的补偿，根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定;
2、具体补偿标准由省、自治区、直辖市制定。据此，法律只是提出了两种考量因素，而将制定具体补偿标准的权利赋予了地方，因而实践中由于地域差别以及实际情况的不同，具体补偿标准也不一致。
