企业拆迁补偿纠纷可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第二十六条
房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。
补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。
被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。
二、企业拆迁补偿项目有哪些?
1、企业未到期的土地使用权的补偿，国有出让土地应按照市场基准价评估补偿。
2、自建的厂房、员工宿舍、仓库的，应当对其自建物进行评估补偿;租赁厂房的应当补偿租金损失。
3、房屋装修及附属设施的补偿，包括不可迁移的水、电等附属设施，应当结合装修或建造成本，使用年限等因素进行评估补偿。
4、停产停业损失，因各地对停产停业计算的标准不一致，各个企业的盈利亏损情况也各不相同，所以补偿标准并不是固定的。
三、企业拆迁补偿协议满足哪些条件才有效?
(一)行为人具有相应的民事行为能力;
(二)意思表示真实;
(三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
四、拆迁补偿的基本原则有哪些?
1、按原面积妥善安置原则。
2、鼓励迁往市区边陲地段和人口稀疏地区的原则。
3、等价交换原则。
4、先安置、后拆迁的原则。
征地主管部门还没有和企业签订拆迁补偿协议之前是不能直接开始相关的拆迁工作的，由于各家企业的盈利亏损情况不一样，所以，征地主管部门在开展相关的拆迁工作之前，会对企业进行实地考察，一些细节性的拆迁补偿方案需要当面和企业协商才能确定。
