1、楼房性质不同。经济适用房是按保本微利的原则给贫困群众的福利性住房;而农民安置房是房屋被征收后对农民安置建设的住房。
2、费用不同。经济适用房是销售给贫困群众的福利住房;而安置房是在土地征收后赔偿给农民的住房。
3、申请要求不同。经济适用房必须家庭经济达到规定的条件才可以申请;而安置房是拆迁后的赔偿房，对家庭经济状况没有要求。
4、获得土地的方式不同。经济适用房建设用地实行行政划拨，免交土地出让金;经济适用房的限制严格，即使获得产证满5年，亦不得向普通公民个人转让，而是由政府职能部门回购;而农民安置房采用出让方式须交纳土地出让金;农民安置房不受限制;农民安置房只售不租，对于购买农民安置房的群体设置了严格的限制条件;国家提倡大量供给的一种房屋类型，有“调整住房结构”的作用，对于购买农民安置房的用户的门槛限制相对较低。
5、价格政策不同。经济适用房出售实行政府指导价，不得擅自提价出售。而农民安置房出售价格完全由市场决定。 居民个人购买的经济适用房产权归国家;房屋的产权分四部分：使用权、占有权、处置权和收益权，与商品房相比经济适用房的产权只在收益权上与它们不同。农民安置房出售后，收益全部归个人所有。
6、两者权属不同。经适房属于商品房的一种，以优惠的价格提供给申请人。满足一定条件下，经适房可以转化为商品房，进入房屋市场流通。农村安置房属于集体土地建房，按照国家相关政策，仅能在本村镇农村内部进行买卖，不能上市流通。
经济适用房和安置房都在居民住房的范围内，但是这两种房产的性质存在差异，一个是具有福利性质的住房，一个是具有安置性质的住房，这两种房产的价格不同，申请要求不同，房产所对应的群体也不相同。
