(一)非法获取军事秘密罪与非法获取国家秘密罪的法条竞合问题
《刑法》对这两种犯罪的规定存在法条竞合关系。对军人非法获取军事秘密的，应优先适用本章的规定，以非法获取军事秘密罪论处。
(二)非法获取军事秘密后又将军事秘密故意泄露的定罪
非法获取军事秘密后又将军事秘密故意泄露的定罪问题，应根据情况区别对待。平时故意泄露军事秘密的，因平时故意泄露军事秘密的法定刑比非法获取军事秘密罪的法定刑轻，所以应定非法获取军事秘密罪，而将故意泄露军事秘密的行为作为非法获取军事秘密罪的从重处罚情节，在量刑时予以考虑。如果是在战时将非法获取的军事秘密又故意泄露的，因战时故意泄露军事秘密的法定刑比非法获取军事秘密罪的法定刑重，所以应定故意泄露军事秘密罪，而将非法获取军事秘密的行为作为从重处罚的情节。
(三)以盗窃武器装备、军用物资的方式非法获取军事秘密的定罪
军队的许多武器装备、军用物资本身就包含需要保密的内容，如性能、构造、成份等，是军事秘密的载体。为了非法获取军事秘密而盗窃武器装备、军用物资的，其行为同时触犯非法获取军事秘密罪和盗窃武器装备、军用物资罪，属于想象竞合犯，应当根据具体案情，选择适用处罚较重的法律规定定罪。
