一、区分本罪与滥用职权罪的界限
《刑法》对指使部属违反职责罪和第397条滥用职权罪的规定存在部分的法规竞合关系，即《刑法》第397条对国家机关工作人员犯滥用职权罪的规定可以包括一部分指使部属违反职责罪。对这种情况，根据刑法理论对法规竞合问题的处理原则，即特别法优先于普通法、法律有特别规定的优先于一般规定适用，当军队的各级首长和指挥人员滥用职权，指使部属进行违反职责的活动，造成严重后果时，应优先适用《刑法》第十章 军人违反职责罪的规定，以指使部属违反职责罪论处。
二、区分本罪与重大责任事故罪的界限
1、指使部属违反职责罪所侵害的是军队中正当行使指挥权的秩序，而重大责任事故罪所侵害的是工矿企业的安全生产秩序。
2、在犯罪的客观方面，指使部属违反职责罪表现范围比较广泛，并未局限在违反哪一方面的职责，而重大责任事故罪表现范围相对较窄，限定在生产作业过程中。
3、指使部属违反职责罪的主体是军队中各级首长和指挥人员，而重大责任事故罪的主体是企业的生产管理人员。
另外，为了体现军法从严的原则，指使部属违反职责罪的法定刑要比重大责任事故罪的法定刑要重。在具体案件中，这两种犯罪可能发生犯罪竞合现象，即军队工矿企业事业单位的管理人员在生产过程中，指使部属实施违反职责的行为，如军械修理所的所长在维修火炮过程中，指使维修人员不按操作程序进行检修，以致发生严重事故的。对这种情况，应按处理想象竞合犯的原则，以指使部属违反职责罪论处。
