(一)本罪与生产、销售伪劣产品罪的区别
本罪的犯罪对象也属于伪劣产品的概念范围之内，所以本罪与生产销售伪劣产品罪存在一些相似之处。但本罪由于其客体受到法律的特殊保护而独立出来，并与之相排斥，故而在犯罪对象、犯罪客体及认定犯罪的标准上都存在明显的区别。如果行为人在生产、销售的食品中既掺有毒、有害的非食品原料，违法销售金额又在5万元以上的，应依刑法第149条第2款的规定，以依照处刑较重的规定处罚。
(二)本罪与生产、销售不符合卫生标准的食品罪的区别
两罪的区别在于：
一犯罪对象不同。本罪生产、销售的是有毒、有害的食品，即掺入有毒、有害的非食品原料的食品;而生产、销售不符合卫生标准食品罪的犯罪对象只是未达到食品卫生标准的食品，该食品中未掺入有毒、有害的非食品原料。
二是客观方面不同。本罪须具有在生产、销售的食品中掺入有毒、有害非食品原料的行为;而生产、销不符合卫生标准食品罪尽管也掺入有毒、有害物质从而造成食品不符合卫生标准，但加入的物质仍然是食品原料，只不过是变质、腐败或被污染了。
三是本罪是行为犯，只要实施客观方面要求的行为即可构成既遂;生产、销售不符合卫生标准食品罪是危险犯，只有造成严重食物中毒事故或者其他食源性疾患，对人体健康造成严重危害的，才能构成既遂。
(三)本罪与投放危险物质罪的区别
与投放危险物质罪区别的关键是，犯罪的目的不同：本罪的目的是获取非法利润，虽然行为人对掺入有毒、有害的非食品原料是明知的，但并不追求危害结果的发生;投放危险物质罪的目的是使不特定多数人死亡或伤害，追求危害结果的发生。本罪与过失投放危险物质罪的区别关键在于对在食品中掺入有毒、有害的非食品原料的主观心理态度不同：过失投放危险物质不是故意在食品中掺入有毒、有害的非食品原料;而是由于疏忽大意或过于自信造成的，而本罪则故意在食品中掺入有毒、有害的非食品原料。
(四)本罪与重大责任事故和玩忽职守罪的区别
区别关键也是在于主观方面不同：本罪是在生产、销售的食品中故意掺入有毒、有害的非食品原料，而重大责任故和玩忽职守罪对食品中掺入有毒、有害的非食品原料在主观上是过失的。
(五)本罪与故意以危险方法危害公共安全罪的界限
本罪既侵犯消费者的生命健康权利，在客观上往往也造成多数人伤亡的严重后果，所以它与故意以危险方法危害公共安全罪存在一些相似之处，区分二者之间的关键在于把握两罪的主观方面，本罪的故意内容不包括对人体健康严重危害后果的积极追求，而只是放任此危害结果的发生;故意以危险方法危害公共安全罪的主观故意中包括对危害结果的发生积极追求的意志内容。所以，如果在生产、销售的食品中掺入有毒、有害的非食品原料，目的在于对不特定多数人的生命健康造成危害，就应构成投放危险物质罪或故意以危险方法危害公共安全罪。
