一、罪与非罪
区分罪与非罪的界限
要注意：本罪以“严重扰乱军事禁区秩序”作为犯罪构成要件。如果虽然有聚众冲击军事禁区的行为，但尚未达到严重扰乱军事禁区秩序的程度，或者虽然严重扰乱军事禁区秩序，但只属一般参与者，尚不属积极参加的，则都不构成犯罪，可由有关部门给予行政处罚。对于严重扰乱军事禁区秩序，但不知是军事禁区，可按其他有关罪定罪处罚，不按本罪处罚。
二、此罪与彼罪
1、本罪与聚众扰乱社会秩序罪的界限
两罪在客观方面、犯罪主体、主观方面相同。
其区别：
（1）犯罪客体不同。前罪的客体是军事禁区管理秩序;后罪的客体是公共场所秩序或交通秩序。
（2）侵害的对象不同。前罪侵害的对象是军事禁区;后罪侵害的对象是公共场所。
2、本罪与聚众冲击国家机关罪的界限
聚众冲击国家机关罪，是指聚众冲击国家机关，致使国家机关工作无法进行，造成严重损失的行为。
两罪在犯罪主体、主观方面、客观方面相同或者近似，其主要区别在于：
（1）侵犯的客体不同。前者侵犯的直接客体是军事禁区秩序;后者侵犯的直接客体是国家机关工作秩序。
（2）犯罪对象不同。前者的犯罪对象是军事禁区;后者的犯罪对象是除军事机关外的其他国家机关工作区。
3、本罪与武装叛乱形式冲击军事禁区，严重扰乱军事禁区秩序的行为的界限
聚众冲击军事禁区罪中的持械冲击军事禁区，用武装叛乱罪中的持械冲击军事禁区相似。对以武装叛乱形式冲击军事禁区，严重扰乱军事禁区秩序的，属想象竞合犯，按照择一重罪处断的原则，应定武装叛乱罪进行处罚。
