破产案件中的法定抵销权申请过程是：破产债权人用于抵销的债权债务均须成立于破产宣告之前，债权应经过申报确认，必须在破产清算分配之前行使，以免延误破产程序进行。抵销必须由债权人主动向清算组提出行使，清算组或破产人方面不得主动主张债务抵销。因抵销权作为债权人的一项权利，是可以任由其行使或放弃的，而清算组主动提出抵销，将使破产财产减少，客观上对多数破产债权人不利，与清算组应为全体债权人的共同利益活动的职责不符。
法律依据： 《合同法》第99 条 (自2021年1月1日起废止)
当事人互负到期债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何方可以将自己的债务与对方的债务抵销，但依照法律规定或者按照合同的性质不得抵销的除外。当事人主张抵销的，应当通知对方。通知自到达对方时生效。抵销不得附条件或者期限。
《企业破产法》第三十二条
人民法院受理破产申请前六个月内，债务人有本法第二条第一款规定的情形，仍对个别债权人进行清偿的，管理人有权请求人民法院予以撤销。但是，个别清偿使债务人财产受益的除外。
《民法典》第八条，民事主体从事民事活动，不得违反法律，不得违背公序良俗。
