公司债务纠纷起诉程序是这样的：
一，当事人起诉，首先应提交起诉书，并按对方当事人人数提交相应份数的副本。当事人是公民的，应写明双方当事人的姓名，性别，籍贯，住址;当事人是单位的，应写明单位名称，地址，法定代表人或负责人姓名。起诉书正文应写明请求事项和起诉事实，理由，尾部须署名或盖公章。
二，根据谁主张谁举证原则，原告向法院起诉应提交下列材料：
1、原告主体资格的材料。如居民身份证，户口本，护照等证据的原件和复印件;企业单位作为原告的应提交营业执照等材料的复印件。
2、证实原告诉讼主张的证据。
三、当事人向法院提交书证，应填写一式两份证据清单，具体列明提交证据的名称，页数。
四，当事人应在收到受理通知书之日起七天内预交案件受理费和其他诉讼费用。
五，立案手续后，案件由法院排期开庭。
《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十八条
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十九条
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十条
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十一条
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十三条
