一、两者在具体所指的范围上存在差别。
破产费用指在破产程序的进行和债务人财产管理过程中出现的常规性和程序性支出，具有消极意味。共益债务则是在破产程序中，为使债权人共同受益而产生的债务，如为增加债务人财产而履行双务合同等，更具积极意味。
二、两者在产生的原因上存在差别。
破产费用除破产案件的受理费用外，主要是由于破产管理人对债务人财产的管理行为所引起的，无论是对破产财产进行管理、变价、分配，还是聘任工作人员，以及破产管理人的费用报酬，都贯穿有破产财产管理人的积极行为在内。而从共益债务的角度来看，则以债务人财产为主要发生原因，履行双务合同的目的是增加债务人财产，因债务人财产的不当得利、无因管理以及给他人造成损失所引发的债务都源于破产财产。尽管存在上述差别，但在破产费用和共益债务的认定上，两者还可能存在一定的交叉。对于两者之间的界限，应把握的是，破产费用仅限于必要的破产财产的管理性和程序性支出，即那些不支出破产程序就无法进行的费用，其范围应严格控制。
《中华人民共和国企业破产法》第四十一条
《中华人民共和国企业破产法》第四十二条
《中华人民共和国企业破产法》第四十三条
