二套房和三套房的契税的区别

没有区别，均为百分之三。相关法律法规规定，契税税率的规定是百分之三到百分之五，一般取百分之三是为了支持房地产业。所以，原则上二套房，三套房及以上房产的契税均按百分之三征收。
《税收征收管理法》第二十八条规定，税务机关依照法律、行政法规的规定征收税款，不得违反法律、行政法规的规定开征、停征、多征、少征、提前征收、延缓征收或者摊派税款。农业税应纳税额按照法律、行政法规的规定核定。