有劳动纠纷公司可以进行清算。
《劳动人事争议仲裁办案规则》第八条：
发生争议的用人单位被吊销营业执照、责令关闭、撤销以及用人单位决定提前解散、歇业，不能承担相关责任的，依法将其出资人、开办单位或主管部门作为共同当事人。
劳动争议主体即劳动争议的当事人，包括劳动者和用人单位，是劳动法律关系中权利的享有者和义务的承担者。如果在劳动争议过程中企业已进入清算阶段，则劳动者应将清算组作为争议的主体。根据最高人民法院《关于审理企业破产案件若干问题的规定》第五十条第(八)项规定，清算组可“代表破产企业参加诉讼和仲裁活动”。清算组即清算机构，是企业经营终止后执行清算事务并代表企业行使职权的权务机构，它负责企业清算期间的一切事宜。也就是说，如果劳动争议发生时，用人单位进入破产清算，那么劳动者在选择相对一方主体的时候应当直接将清算组列为被申请人。
