政府干预破产清算不合法。违约金不能申报破产债权。
1、房地产开发商破产清算案件，由债务人住所地人民法院管辖，不属于政府行政管理，政府不应干预房地产开发商与其债权人的破产清算；
2、根据《最高人民法院关于审理企业破产案件若干问题的规定》，破产清算时，债权以实际损失为计算原则。违约金不作为破产债权。 附录：《中华人民共和国企业破产法》（节选） 第三条 破产案件由债务人住所地人民法院管辖。 附录：《最高人民法院关于审理企业破产案件若干问题的规定》（节选） 第五十五条下列债权属于破产债权：
（一）破产宣告前发生的无财产担保的债权；
（二）破产宣告前发生的虽有财产担保但是债权人放弃优先受偿的债权；
（三）破产宣告前发生的虽有财产担保但是债权数额超过担保物价值部分的债权；
（四）票据出票人被宣告破产，付款人或者承兑人不知其事实而向持票人付款或者承兑所产生的债权；
（五）清算组解除合同，对方当事人依法或者依照合同约定产生的对债务人可以用货币计算的债权；
（六）债务人的受托人在债务人破产后，为债务人的利益处理委托事务所发生的债权；
（七）债务人发行债券形成的债权；
（八）债务人的保证人代替债务人清偿债务后依法可以向债务人追偿的债权；
（九）债务人的保证人按照《中华人民共和国担保法》第三十二条的规定预先行使追偿权而申报的债权；
（十）债务人为保证人的，在破产宣告前已经被生效的法律文书确定承担的保证责任；
（十一）债务人在破产宣告前因侵权、违约给他人造成财产损失而产生的赔偿责任；
（十二）人民法院认可的其他债权。 以上第（五）项债权以实际损失为计算原则。违约金不作为破产债权，定金不再适用定金罚则。
房屋开发商破产清算时应该根据自己企业的相关情况成立清算小组进行清算，清算期间不受任何其他企业、政府的干涉。政府作为行政主体，与公司的地位不同，不能利用其职权对企业自身的破产结算进行干涉，政府在市场经济中的地位只能是对市场的相应的指导，而不能直接进行管制。
