一、股东撤资违约金公司怎么交税?
个人股东转让所持有的股权应当缴纳个人所得税;企业法人撤资不需要缴纳个人所得税，有投资收益的需缴纳企业所得税。
个人转让股权所得应纳的个人所得税计算公式为：
个人所得税应纳税额=(股权转让收入-本金(原值)-合理费用)×20%。
股权转让个人所得税额计算
《个人所得税》第六条第五款规定，财产转让个人所得税的计算方式是以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。《实施条例》第二十二条规定财产转让所得，按照一次转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，计算纳税;第十九条规定税法第六条第一款第五项所说的财产原值，对于有价证券，是指为买入价以及买入时按照规定交纳的有关费用。但是，对于合理费用法律没有明确的规定，一般是指为办理股权转让手续作出的必要开支。《个人所得税法》第三条第五款规定，特许权使用费所得，利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得，偶然所得和其他所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
二、公司减资的基本流程
1、股东会决议。有限责任公司减资应由股东会依法作出特别决议。国有独资公司减资由国有授权投资的机构或者国家授权的部门作出决定。
2、编制资产负债表及财产清单。目的是摸清家底。
3、通知或公告债权人。公司应当自作出减少注册资本决议之日起10日内通知债权人，并于30日内在报纸上至少公告3次。债权人自接到通知书之日起30日内，未接到通知书的自第一次公告之日起90日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
三、撤资退股应该怎么分配?
依据公司法的规定，有限责任公司设立后，公司股东不得出现抽逃出资的情况，撤销退股只能出现在公司解散或者连续五年不分红等的情况下。
《中华人民共和国公司法》
第三十五条 公司成立后，股东不得抽逃出资。
第七十四条 有下列情形之一的，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权：
(一)公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的;
(二)公司合并、分立、转让主要财产的;
(三)公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。
自股东会会议决议通过之日起六十日内，股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以自股东会会议决议通过之日起九十日内向人民法院提起诉讼。
第一百八十六条 清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。
公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。
清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。
在股东撤资的这一过程当中，公司交税的问题还是要和财务人员进行充分的沟通的，因为公司撤资也不是一时半会就能完成的，在撤资过程中的有些业务就需要到税务机关去办理。总之，所得税的税率一般情况下都是20%，还有什么不清楚的问题，必需要到税务机关办理。
