委托付款三方支付协议合法吗

委托付款三方支付协议合法的。
按照规定，当事人约定由债务人向第三人履行债务的，债务人未向第三人履行债务或者履行债务不符合约定，应当向债权人承担违约责任。因此，该公司的做法是可以的，只要双方同意，并在合同上写明权利义务就行。
法律依据：
《民法典》第九百二十一条
委托人应当预付处理委托事务的费用。受托人为处理委托事务垫付的必要费用，委托人应当偿还该费用并支付利息。