班组承包协议有效吗

看具体情况定。承包协议和分包合同不一样，是否合法要通过相关证据和事实来确定。如果承包协议是双方真实意思表示，即为有效。
《民法典》第四百六十五条 依法成立的合同，受法律保护。
依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。