员工跟公司解除劳动关系的协议是具有法律效力的。劳动合同的解除是指劳动合同订立后，尚未全部履行以前，由于某种原因导致劳动合同一方或双方当事人提前消灭劳动关系的法律行为。解除劳动合同是劳动合同从订立到履行过程中可以预见的中间环节，依法解除劳动合同是维护劳动合同双方当事人正当权益的重要保证。
二、认定解除劳动关系的认定情形是什么?
1、用工双方合意解除劳动关系。
在劳动合同约定的期满前，用人单位与劳动者协商解除劳动关系，未履行的劳动合同权利义务则不再履行。按照我国相关法律中的规定：“经劳动合同当事人协商一致，劳动合同可以解除”。协议解除劳动合同的，没有必要分清是谁的责任导致。
2、过失性辞退和非过失辞退导致劳动关系的解除。
过失性辞退即劳动者的行为违反我国相关法律中得规定或者行政法规的，由用人单位予以辞退而解除劳动合同，劳动关系消灭。非过失性辞退是指非因职工原因由用人单位辞退职工而解除劳动合同。
3、经济性裁员和企业富余职工辞职导致劳动关系解除。
用人单位濒临破产或进行法定整顿期间或者生产经营状况发生严重困难，必须裁减人员的，被裁员人员即与企业解除劳动关系。
4、劳动者主动提出解除劳动合同导致劳动关系的解除。
(一)在试用期内;
(二)用人单位以暴力、威胁非法限制人身自由的手段强迫劳动的;
(三)用人单位未按照劳动合同支付劳动报酬或者提供劳动条件的。
5、劳动合同终止导致劳动关系的自然解除。
劳动合同期满或者当事人约定的劳动合同终止条件出现，劳动合同即行终止。
员工在与企业达成劳动关系或者是解除劳动关系的时候一定要签订书面的劳动合同或者是解除协议，能够最大程度上的保障双方的利益。如果就解除劳动关系有异议的，可以向当地的劳动局申请劳动仲裁解决，并提交相关的证据材料来佐证自己的观点。
