劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受仲裁时效期间的限制;但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
加班工资属于“劳动报酬”，适用特殊仲裁时效，劳动者在职期间或劳动关系终止后一年内提出加班工资的请求都是符合仲裁时效规定的。在劳动关系终止或解除一年之后，劳动者逾期提出加班工资主张的，才受到仲裁时效限制。
关于工资支付凭证保存期为两年的规定，不能简单地理解为限制劳动者主张加班工资的诉讼时效。
原劳动部《工资支付暂行规定》第六条规定：“用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。”
根据工资支付凭证保存期为两年的规定，用人单位在这一保存期限内负有保存义务。用人单位履行了保存工资凭证义务，仅表明用人单位完全履行了保存期限内工资凭证所证明的已支付相应劳动报酬这一事实。而在此两年期间之前或之后的工资支付义务(而不是保存义务)并不能当然免责。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条
