员工擅自离职用人单位应当结清工资，但劳动者应赔偿损失。
劳动者擅自离职，指劳动者根据用人单位和自身情况擅自离职，而强行解除与用人单位的劳动关系的一种行为。因辞职或要求解除合同未准，擅自离职或违约出走；未说明原因不辞而别；受优厚待遇诱惑擅自“跳槽”等均属擅自离职，属于违法解除合同，按《劳动合同法》第九十条、劳动部《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》（劳部发〔1996〕354号）第18条规定，造成用人单位损失的，应当承担赔偿责任。
《劳动合同法》第九十条劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》第十八条职工解除劳动合同，应当严格按照《劳动法》的规定，提前三十日以书面形式向用人单位提出。职工自动离职属于违法解除劳动合同，应当按照《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》承担赔偿责任。
