如果被告对原告出示的证据表示疑义的，法院会结合其它的证据及审理情况，对该证据的真实性、合法性及关联性进行审查后进行认定：
1、如果经法院审查，该证据具有真实性、合法性及关联性的，则法院会依法采信该证据，并依法认定被告的异议不成立。
2、如果经法院审查，该证据不具有真实性、合法性及关联性的，则法院会依法对该证据不予采信。
法律依据：公诉人出庭行为规范全文 第二十八条
对于被告人、辩护人向合议庭提交的证据，公诉人应认真审查。认为该证据不具备证据的合法性、客观性或关联性的，应当及时向法庭提出。前述证据如果对被告人的定罪、量刑有重大影响，当庭难以准确判断，符合延期审理条件的，公诉人应当提请法庭延期审理。(三)法庭辩论
