1、适用法律不同。驳回起诉适用程序法。而驳回诉讼请求既可适用程序法，又可适用实体法。
2、适用的诉讼主体不同。驳回起诉适用的诉讼主体是单一的，主要适用针对原告的起诉。而驳回诉讼请求适用的主体是多元的，既可以针对原告的诉讼请求，也可针对被告的反诉请求以及有独立请求权的第三人的诉讼主张。
3、采用的裁判形式不同。驳回起诉是对程序意义上诉权的确认，应当采用裁定形式。驳回诉讼请求则是实体意义上的诉权的确认，必须采用书面判决。
4、适用阶段不同。驳回起诉通常是在人民法院立案后，诉讼程序刚开始阶段时适用。驳回诉讼请求是在人民法院依照程序法规定的诉讼程序审理完毕阶段时适用。
5、适用的内容和目的不同。驳回起诉是人民法院立案后经审查查明原告的起诉不符合法律规定，法院依法驳回原告的起诉权利。而驳回诉讼请求是人民法院立案审理后，认定诉讼主体的诉讼请求或主张证据不足或者超过诉讼时效又无中止、中断、延长事由的以及其他依法不予保护的诉讼请求或主张判决予以驳回。
6、法律后果不同。驳回起诉的裁定发生法律效力后，原告再次起诉的，如符合起诉条件，人民法院应予以受理。驳回诉讼请求的判决书生效后，诉讼主体不能就同一诉讼请求和事实向人民法院重新提出诉讼，若当事人仍坚持向人民法院提起诉讼的，人民法院应依法裁定不予受理。
法律依据：税务行政应诉工作规程 第十五条
经审查发现下列情形之一的，应当在答辩状中写明，提请人民法院裁定驳回原告的起诉：
(一)原告无诉讼主体资格;
(二)没有明确的被告或者错列被告;
(三)没有具体的诉讼请求或者事实根据;
(四)不属于人民法院受案范围或者受诉人民法院管辖;
(五)超过法定起诉期限且无正当理由;
(六)未按照法律规定由法定代理人、指定代理人、代表人为诉讼行为;
(七)未按照法律、法规规定先向行政机关申请复议;
(八)重复起诉;
(九)撤回起诉后无正当理由再行起诉;
(十)行政行为对其合法权益明显不产生实际影响;
(十一)诉讼标的已为生效裁判所羁束;
(十二)不符合其他法定起诉条件。
